Tres días te alcanzan para El Calafate, y puedes agregar dos días más si quieres visitar El Chaltén (a 4 horas en bus), que también es muy bonito, y desde donde puedes hacer mucho trekking e incluso visitar el Glaciar Viedma.

www.elchalten.com

Para El Calafate, tienes mucha información aquí:
www.elcalafate.gov.ar

Cuatro días para esa época en Puerto Madryn estaría perfecto.   Un día para ir a la pinguinera de Punta Tombo, medio día para ir al Doradillo o Las Canteras para ver ballenas, medio día para la colonia de lobos marinos de Punta Loma, y otra vez un día entero para visitar Península Valdez más el avistaje de ballenas desde un barco.

De Puerto Madryn tienes ómnibus directo a Bariloche (12 horas) y usaría todos los días que te quedan en Bariloche, para hacer estas excursiones (las pongo en orden de preferencia):

1) Puerto Blest con Laguna Frías y Cascada Los Cántaros (imperdible).  Día entero
2) San Martín de los Andes por Siete Lagos (bellísimo).   Dia entero
3) El Bolsón y Lago Puelo (día entero)
4) Termas de Puyehue (si te sobra tiempo, prefiero las otras tres)
SALIDAS DE MEDIO DÍA: Circuito Chico (imperdible) y Cerro Catedral (es muy bonito con nieve, y ahora está nevando en la cordillera, creo que llegaremos a setiembre con bastante nieve en los Andes).
SALIDAS EN BUS URBANO: Llao Llao, Cerro Catedral (también se puede ir en bus), Colonia Suiza (es muy bonito y hay casas de té con tortas alemanas riquísimas)

Si no te cansa viajar, ¿por qué no incluyes también las Cataratas del Iguazú?   Con dos días allá es suficiente.   Son bellísimas...

En mis respuestas a otras preguntas he indicado los horarios de buses y las compañías que recomiendo por la calidad de sus servicios.

Feliz viaje.

Roberto