Luis Cesar,
empecemos por lo mas sencillo.... no tengo experiencia con Argentina Explorer y el único comentario que hay al respecto es bueno, voy a tratar de averiguar algo mas.
Sobre las compañías que te permiten volar a todos esos puntos, desgraciadamente no tienes muchas opciones, ya que por ahora, solo Aerolineas Argentinas lo hace (ver mi experiencia con Aerolineas). Por ahora LAN Argentina (subsidiaria de Lan Chile) vuela a Iguazú, y anunciaron en noviembre van a comenzar a volar a El Calafate y Ushuaia, con lo cual no sirve.
Existe una suerte de pase para todos estos vuelos, que podrás ver en
http://www.aerolineas.com.ar/ar/index_es.asp?pais=es&idi=es&secc=4&subs=6&id=238...pero antes de comprarlo, sugeriría que te contactes con alguna agencia de viajes en la Argentina para que te hagan una cotización del mismo, ya que puedes mejorar el precio.
Por las distancias, salvo Iguazú o Puerto Madryn, el uso de autobuses no es recomendable.
Saludos y no dejes de preguntar si necesitas más información
Javier